O TRF1 havia rejeitado a apelação da União em um processo, por considerar que, se o objetivo da norma é tornar o produto nacional mais competitivo no mercado internacional, não faria sentido a cobrança da Cofins e do PIS/Pasep sobre o custo do transporte interno de mercadorias a serem exportadas.
Não satisfeita, a União entrou com recurso especial no STJ alegando falta de provas de que a transportadora beneficiada com a decisão realizasse efetivamente o transporte internacional de cargas. Defendeu ainda a interpretação literal e restritiva das isenções, de modo a excluir o trecho interno do transporte no caso de mercadorias destinadas ao exterior.
Ao analisar o recurso, o relator, ministro Castro Meira, observou não haver dúvida na tese sustentada pela fazenda nacional, uma vez que a MP 2.158-35 deixa claro que a isenção dos tributos não permite sua extensão ao transporte interno. Diante disso, deu provimento ao recurso especial, no que foi acompanhado pela maioria dos integrantes da Turma.
Como precedente, o ministro citou decisão do Supremo Tribunal Federal (STF), que, ao examinar o artigo 155 da Constituição Federal, entendeu que a imunidade tributária de ICMS ali prevista não se destinava ao transporte interno que antecedia a exportação. O ministro salientou que, embora aquela norma se refira ao ICMS, a interpretação serve como suporte para esclarecer o alcance da MP.